Les principales méthodes de détection des bioagresseurs de quarantaine (Résumé)

Résumé

Dans le domaine forestier, la lutte contre les bioagresseurs de quarantaine commence par la prévention. Identifier rapidement et avec fiabilité un bioagresseur permet d’empêcher son entrée sur le territoire et d’envisager une éradication précoce en cas de découverte de foyer. Les méthodes d’identification utilisent principalement des techniques permettant de rechercher spécifiquement, a priori, un ou plusieurs bioagresseurs cibles dans un échantillon de plante ou de sol. L’essor des techniques d’amplification génique de type PCR (en point final ou en temps réel) a rendu ces détections très fiables et rapides. Une autre approche consiste à travailler sans a priori, en réalisant un inventaire microbiologique de l’échantillon à analyser. Elle a longtemps reposé sur des protocoles classiques de caractérisation morphologique, mais l’apport des nouvelles techniques de séquençage d’ADn [code-barres d’ADn (barcoding), séquençage environnemental (metabarcoding)] ou d’analyse du protéome (spectrométrie de masse MALDI-TOF) permet à présent d’identifier les bioagresseurs sans les rechercher a priori. Les perspectives en matière de méthode de détection sont nombreuses et s’orienteront peut-être vers des techniques ciblant plus spécifiquement les microorganismes sur la base de leur potentiel de pathogénicité.

Abstract

In the forestry area, quarantine pest control begins with prevention. Rapid, reliable identification of a pest helps to prevent it from entering the territory and to contemplate early eradication when an outbreak is discovered. Identification methods mainly call on techniques for previously specified target pests in a plant or soil sample. The development of PCR type techniques (end point or real time) has made these detections very fast and reliable. Another approach works without a pre-specified target by conducting a microbiological inventory of the test sample. For a long time this has relied on conventional protocols for morphological characterisation but new DnA sequencing techniques (DnA barcoding, meta-barcoding) or proteomic analysis (MALDI-TOF mass spectrometry) now allow identification of pests that are not pre-specified. This opens broad perspectives for detection methods which may evolve towards techniques that more specifically target microorganisms on the basis of their potential pathogenicity.